Taboga tiene una historia muy colorida por el paso de muchas culturas por sus tierras, influencias de españoles, franceses, ingleses y norteamericanos.
El Canónico Hernando de Luque en el años 1524 fundó un villorrio a las orillas del mar en la isla y le llamo San Pedro de Taboga (San Pedro es el santo patrono de la Isla).
En 1510 se habían establecido los españoles que llegaron al Istmo en Santa María la Antigua del Darién. De allí salió Vasco Núñez de Balboa para descubrir el Océano Pacífico o Mar del Sur, por esa misma población pasaron personalidades como Pedro Arias de Ávila, Pascual de Andagoya , Francisco Pizarro , Diego de Almagro, Gaspar de Espinosa y el mismo Hernando de Luque.
Posterior al descubrimiento del nuevo océano y el archipiélago de las perlas la isla de Taboga fue una consecuencia lógica ya que estaba a corta distancia de la costa.
Mucho antes que fuera fundado el villorrio Gonzalo de Badajoz había pisado sus costas huyendo del Cacique París luego de ser derrotado en Parita, Badajoz se embarcó en Chame frente a la isla de Otoque y desembarco en Taboga en el año de 1515.
Pedro Arias de Ávila llego a Taboga en el año de 1519 buscando fundar una población a orillas del mar misión que logro ese mismo año fundando lo que se conoce hoy como “Panamá la Vieja” esta misma fue asaltada e incendiada por el pirata Henry Morgan en el año 1671.
Posteriormente Taboga se convirtió en el centro de operaciones para el descubrimiento y conquista del Perú.
La expedición de Francisco Pizarro y Diego de Almagro partió de la isla, y Hernando de Luque les sirvió de ayuda, siendo vicario de la Catedral de Panamá.
En la pequeña iglesia que fue la antecesora (la segunda iglesia más antigua del continente) de la actual en la isla ambos conquistadores tomaron la hostia.
Almagro parte como Adelantado de Chile y Pizarro zarpa a la conquista del Perú precisamente el año que se funda el villorrio San Pedro de Taboga 1524, años más tarde Almagro muere en manos de Pizarro y posteriormente Pizarro cae muerto por seguidores de Almagro en su casa en Lima.
Hernando de Luque se dedicó a la agricultura y a enaltecer a la población del villorrio que tanto amaba.
Se sabe también que William Dampier fondeo su barco en las costas de la isla en el año de 1685.
También se tiene conocimiento de que pasaron una noche en la isla los obispos Fray Bartolomé de las Casas y Fray Tomas de Berlanga.
Los siglos siguientes la isla fue muy visitada buscando oro, perlas y otras riquezas del mar que se habían descubierto y Taboga fue escenario de todo este tránsito.
Henry Morgan después de saquear la ciudad de Panamá envió tropas a la isla con orden de “saquear y quemar todo” en el año de 1671.
Otros piratas también utilizaron la isla para abastecerse, se conoce que el pirata Hawkins se instaló en la isla en el año 1686.
El hecho de que Taboga fuera el punto de partida y regreso de todas esas expediciones se debe a que está orientada hacia el sur lo que la hace propicia para la entrada a Panamá.
En el año 1819 el buque de guerra chileno Rosa de los Andes ataca la isla de Taboga incendiando el pueblo y destruyendo la iglesia fundada por el canónico Luque.
En 1870 la fragata peruana Pichincha trata de secuestrar a un grupo de mujeres taboganas que habían sido invitadas a una fiesta abordo, ese mismo año unos marinos ingleses protagonizaron una trifulca y dieron muerte al alcalde Manuel A. Fuentes.
Taboga también fue bendecida con perlas junto con su vecina Taboguilla en el siglo XVIII había actividad económica con ese valioso bien.
En los años 1849 y 1850 Taboga era el puerto de Panamá. En el Morro existía un astillero de 100 metros de largo donde se reparaban barcos era complejo que contaba con deposito, muelle, oficinas, talleres, viviendas, un hospital y un cementerio todavía hay vestigios de muchas de esas edificaciones, gracias a esto la isla para el año de 1870 contaba con una población de 1,568 habitantes cifra que ascendió a 3,130 en 1896 gracias a que edificaron en la isla almacenes para abastecer barcos, tiendas de ropa, talleres de carpintería, panaderías, billares, locales para fiestas, pensiones, tiendas mayoristas, un pequeño mercado y tres médicos.
La época de más riqueza para la isla giro en torno a la fiebre de oro en California ya que la isla era paso obligatorio.
En el año 1847 se estableció una estación naval de una empresa norteamericana, y se instalaron también compañías inglesas (The Pacific Steamship Navigation Co.) y australianas de vapores. Se dice que en esa época el oro circulaba por las manos de todos en la isla como jamás se había visto en esos sitios.
La tradición y algunos cronistas señalan que Santa Rosa de Lima, la primera santa de hemisferio Americano, nació en Taboga (esto es en base a historiadores taboganos), porque sus padres vivían en la isla, en un lugar llamado La Puntilla. La familia partió de la isla para establecerse en la ciudad de Lima donde la niña floreció como santa y fue canonizada. De allí que se le diga “Santa Rosa de Lima, la Tabogana”.
Terminando el Siglo XIX en el año de 1887 Taboga fue visitada por el pintor francés post-impresionista, Paul Gauguin que buscaba donde pintar lejos del bullicio de Paris. Coincidió su visita con la construcción del canal francés donde trabajó, las cosas no fueron como esperaba permaneció tres meses en la isla sin tocar pincel, de Panamá el artista se fue a la isla de Martinica para posteriormente radicarse en Tahití.
En el año 1920 ya en pleno siglo XX los norteamericanos pretendieron ocupar la isla de Taboga hecho que fue rechazado por el Presidente Ernesto T. Lefevre.
Anteriormente los norteamericanos habían exigido la isla de Taboga como indemnización por los supuestos perjuicios causados por el incidente de “la Tajada de Sandia” en el año 1857.
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